Компанията съществува от 01.01.2002 г. ДП НКЖИ е най-голямото държавно предприятие и единствен управител на железопътната инфраструктура в България. Планира цялостната дейност за развитие на железопътната инфраструктура.
Основният предмет на дейност на Компанията е: осигуряване на равнопоставени условия при използването на инфраструктурата от лицензирани превозвачи; извършване на дейности по развитието, ремонта, поддържането и експлоатацията на железопътната инфраструктура; управление на влаковата работа в железопътната инфраструктура при спазване на изискванията за безопасност, надеждност и сигурност; приемане и изпълнение на всички заявки, произтичащи от задълженията за обществени услуги; осъществяване на инвестиционна политика при развитието и модернизацията, поддържането и ремонта на железопътната инфраструктура за реализация на европейските критерии и стандарти и др.
Компанията е бенефициент по Оперативна програма „Транспорт“ (2007 – 2013), Оперативна програма „Транспорт и транспортна инфраструктура“ (2014 – 2020), Механизъм за свързване на Европа.